なぜジェノブレイカーは赤いのか？
最獣要計画「ゾイドワイルド」起動！（YouTube）より引用
ゾイドの世界観は大きく分けてアニメと、アニメとは独立して設定されているゾイドバトルストーリーがあります。
ジェノブレイカーが赤い理由は、アニメとバトルストーリーで異なります。
アニメの場合、
ジェノブレイカーが赤いのは赤いオーガノイドであるアンビエントが介入したからです。
バトルストーリー場合、
ジェノザウラーよりはるかに扱いにくいジェノブレイカーに、エースパイロットの証である赤い塗装を施したためです。
アニメの場合
シールドライガーがジークの力でブレードライガーになったように、オーガノイドにはゾイドを進化させる能力があります。
オーガノイドの力でゾイドが進化する際は、エボリューションコクーンと言われる光の繭に一定期間ゾイドが包まれます。
ジェノブレイカーはジェノザウラーがシャドーの力によって進化したものです。
しかしながら、このときレイヴンが乗っていたジェノザウラーはちょっと特殊なものでした。
通常のジェノザウラーは黒と紫の配色なのですが、ジェノブレカーの元となったジェノザウラーは黒と赤の配色。
このジェノザウラーはヒルツのオーガノイド、アンビエントが関わっていたと考えられます。
ジェノザウラーをジェノブレイカーに進化させたのはシャドーですが、その過程にアンビエントの因子が入り込んでいてそれがジェノブレカーを赤色にしたわけです。
なぜそんなことをしたかと言えば、はっきりと明言されてはいませんが、おそらく最終的にはヒルツのデスザウラーにジェンブレイカーを取り込むためと思われます。
バトルストーリーの場合
アニメの場合、ジェノブレイカーはジェノザウラーがシャドーの力によって進化することで生まれたという設定です。
一方、バトルストーリーではジェノブレカーはジェノザウラーを元に開発されたゾイドとされています。
ジェノブレイカーはアニメでは「シャドーによる進化」という偶発的な過程で生まれたのに対し、バトルストーリーではあくまで科学者たちの意図的な開発だったわけです。
オーガノイドシステムによりただでさえ扱いにくいジェノザウラーをさらに強くしたジェノブレイカーは、非常に操縦が困難なパイロットの技量が必要な機体になってしまいました。
そんな経緯を踏まえて新しいジェノザウラーであるジェノブレイカーは機体色がエース機の称号である赤色に塗装されたのです。
おわりに
そんな感じで、アニメとバトルストーリーでは設定が異なるジェノブレイカー。
設定の違いがあるので、
アニメではジェノブレイカーはレイヴンが乗る１体しか存在しません。
バトルストーリーではその限りではありません。
いずれにせよ、ジェノブレイカーはアニメでもバトルストーリーでも強力かつ扱いが難しいゾイドとして描かれています。