このページは「チ。-地球の運動について-」についてのネタバレを含みますのでご了承ください。
ラファウの最期
僕は地動説を信じてます。
チ。 ―地球の運動について― 第3話 僕は、地動説を信じてます（ABEMA）より引用
ラファウは地動説の支持を貫き、第３話の獄中にて自ら命を絶ちます。
これにてフベルトから引き継いだ石箱の資料は破棄を免れます。
解説
経緯
地動説を引き継いだラファウ
チ。 ―地球の運動について― 第2話 今から、地球を動かす（ABEMA）より引用
フベルトの死を経て、地動説の研究を引き継ぐことを決意したラファウ。
ノヴァクには自戒と言い訳していますが、本心では地動説を研究する覚悟・決意としてラファウはフベルトのネックレスを身に付けます。
ただでさえ異端研究の記録はラファウの物だったのではないかと疑っているノヴァク。
ネックレスを身に付けるラファウの行動は、ノヴァクの疑いの目を強めたとも言えます。
本作において球体のネックレスは言わずもがなキーアイテムですが、このネックレスは地動説を引き継ぐだけでなく地動説支持者と異端審問官の衝突を生むきっかけとしても働いています。
研究がポトツキにばれるラファウ
チ。 ―地球の運動について― 第3話 僕は、地動説を信じてます（ABEMA）より引用
記録の燃え残りから、地動説の研究がポトツキにバレてしまうラファウ。
すでに異端研究で一度捕まったポトツキは、再犯での処刑を最も恐れています。
（ノヴァクが提案した）初犯であるラファウを密告することで自身もラファウも助かるという合理的な判断の下、ポトツキはラファウを密告します。
ラファウやポトツキを泳がせたりせず、早々に密告を提案するあたりに、ノヴァクの「しないで済むなら処刑や拷問はしたくない」姿勢がうがかえます。
最期
たぶん、感動は、寿命の長さより大切なものだと思う。
だからこの場は、僕の命に代えてでも、この感動を生き残らせる。チ。 ―地球の運動について― 第3話 僕は、地動説を信じてます（ABEMA）より引用
捕まる前からけしの実が入った袋を持ち歩いていたラファウ。
獄中にてそれを飲み、自身の命を代償に拷問から免れかつ地動説の資料を守ります。
そして命を落とし、死体は十字架に縛られ焼かれます。
服薬によって「苦しまずに死ぬ」ことを選んだラファウ。毒死の苦痛を麻薬的な麻酔薬で相殺する仕組みであったのだと思います。（実際にそううまくいくかは微妙であり、このあたりはあくまでフィクションのご都合主義とも言えます）